Nestrannost, nezávislost, spolu s nediskriminačním charakterem postupů při certifikaci jsou zásady, které prezentují certifikační orgán vůči veřejnosti a dokladují hodnotu certifikátu vydaného certifikačním orgánem.
Certifikační orgán je odpovědný za nestrannost svých certifikačních činností a nesmí umožňovat komerční, finanční ani jiné tlaky kompromitující nestrannost.

Certifikační orgán, ani jeho pracovníci nesmí nabízet žadatelům o certifikaci poradenství, ani žádné služby, které by zpochybnily nestrannost a nezávislost (např. smlouvy pro výkon činností, které souvisí s výkonem prací držitelů certifikátů apod.). Nesmí uvádět ani naznačovat, že by certifikace mohla být jednodušší, snazší, rychlejší nebo méně nákladná, kdyby byla využita specifikovaná poradenská organizace.

Certifikační orgán průběžně identifikuje rizika své nestrannosti, vyplývající z jeho činností, z jeho vztahů nebo ze vztahů jeho pracovníků.

Pracovníci certifikačního orgánu musí jednat nestranně a nesmí být pod vlivem obchodních, finančních či jiných zájmů, které by mohly ovlivnit objektivitu a nediskriminační charakter postupů podle nichž certifikační orgán provádí certifikaci.

V rámci organizační struktury ČSSP je činnost, politiky a postupy certifikačního orgánu formulovány vedením certifikačního orgánu a garantovány Radou pro certifikaci certifikačního orgánu, stojící mimo organizační rámec ČSSP.

Certifikační orgán má zajištěno pokrytí odpovědností vyplývající z jeho činností pojištěním.